No estoy seguro de por qué @Spencer no publicó esto como respuesta, pero creo que tiene razón en su comentario de abril de 2018 (al igual que la respuesta limitada más reciente (junio de 2018) de @Rob Crawford) :
Hay otro fragmento de los Skylitzes de Madrid que muestra lo mismo en tierra, en la cima de una colina, mientras el barco se aleja remando, mostrando la huida de Tomás el eslavo. a los árabes. Enlace - Spencer 11 de abril de 2018 a las 10:10
El manuscrito al que se hace referencia tiene la siguiente imagen en la página 68 (del pdf):
Parece que el OP es correcto en la consulta original,
detrás o en el barco ...
y que esta estructura está realmente detrás del barco en la imagen original (pdf página 78). Si revisa el manuscrito iluminado, hay numerosas imágenes de escenas terrestres que muestran representaciones de edificios muy similares.
Una escena de la página anterior a la representación del fuego griego, que muestra más representaciones de edificios:
... y otras varias páginas después, mostrando el edificio no en los barcos:
Parece bastante concluyente que esta estructura no es parte de los barcos, pero de hecho representa estructuras en la costa. Podemos ver almenas en uno de los edificios representados arriba, diferenciando una estructura militar, y muchas de las imágenes muestran cruces en la parte superior para especificar edificios religiosos, por lo que la falta de cualquiera de estas características identificativas significa que lo mejor que podemos decir es que esto representa una estructura genérica.
Otra cosa que se puede observar del manuscrito en sí, es que entre las muchas otras representaciones de barcos dentro de este documento, no he encontrado (hasta ahora) otras que muestren esta estructura en un barco. Esto se suma a la conclusión de que representa un edificio en tierra. Si representaba una parte común de un barco, debería representarse como tal en otra parte del manuscrito.
El manuscrito iluminado completo se puede ver y descargar en la Biblioteca digital mundial